目前大多数胃肠道间质瘤病例都具有C-KIT或者PDGFRα基因突变的情况，这两类基因突变会导致细胞异常增生。但是胃肠道间质瘤的具体发病机制至今不明确。诱发胃肠道间质瘤的病因可能与生活习惯、饮食习惯、环境因素和遗传因素等有一定关系，但是关联性比较弱。

1、生活习惯：各种不良的生活习惯，比方说一日三餐不规律、熬夜、暴饮暴食、抽烟、喝酒等，容易造成机体免疫力下降，增加患病的几率；

2、饮食习惯：经常吃一些腌制的，或者是热烫、熏烤的食物，如吃的特别咸、特别烫等，这些都属于不良的饮食习惯；

3、环境因素：处于化学工业比较发达的地区，空气被污染，甚至空气中还会有致癌的成分存在；

4、遗传因素：如果说家族当中有患过胃肠道间质瘤的成员，就会增加胃肠道间质瘤的遗传易感性。

近90%的胃肠道间质瘤都是因为两种基因突变导致的，一个是C-KIT基因，一个是PDGFRα基因。这两个基因突变之后生成的异常蛋白不依赖配体即可生成二聚体，导致酪氨酸激酶自磷酸化持续激活下游的信号通路，造成细胞失控性增生，最终形成了间质瘤。