种植体周围炎最常见的原因是细菌感染，全口种植的细菌菌群与局部完全不同，但细菌造成的种植体周围炎目前最为常见。种植体跟自然生长的牙齿不同，其与牙槽骨是骨性结合，受力与传导机制完全不同，若种植体位置不当或咬合负担过重，因为物理性力学负担因素也会引起种植体周围炎。如果受力过大，对于种植体周围则会造成微小裂隙即骨裂，从而造成细菌入侵通道，并导致种植体周围炎。
种植技术方面也存在一定差异，包括口腔外科医生的技术，以及种植体表面处理技术均存在一定影响。若将种植体完全埋入，软组织处理分两段进行，种植体周围炎的发病率则会低很多。
