初生儿黄疸最常见的原因是生理性的黄疸，与新生儿胆红素代谢特点相关，包括胆固醇生成相对较多、肝细胞对胆红素的摄取能力不足、血浆白蛋白连接胆红素的能力差、胆红素排泄能力缺陷、肠肝循环增加等。因此，60%的足月儿和80%的早产儿在生后第一周会出现肉眼可见的黄疸。病理性的黄疸的原因有：

1、胆红素生成过多、过多的红细胞破坏以及肠肝循环的增加，使血清未结合胆红素升高。常见的病因有红细胞增多症、血管外溶血、同种免疫性溶血、感染、肠肝循环增加、红细胞膜缺陷、红细胞形态学异常、血红蛋白病、维生素E缺乏等；

2、肝脏胆红素代谢障碍。由于肝细胞摄取和结合胆红素的功能低下，使血清未结合胆红素升高，常见的病因有缺氧、感染、Crigler-Najjar综合征、Gilbert综合征、Lucey-Driscoll综合征、部分药物如磺胺药物、水杨酸盐、吲哚美辛、毛花苷丙等，以及先天性甲状腺功能低下、垂体功能低下、21-三体综合征等；

3、胆汁排泄障碍、肝细胞排泄胆红素障碍或者是胆管受阻等可导致高结合胆红素血症，若同时伴肝细胞功能受损，也可以有未结合胆红素的升高。常见的病因有新生儿肝炎、新生儿代谢性缺陷病、胆管阻塞、Dubin-Johnson综合征等。