小柴胡配板蓝根有一定的抗病毒效果，但不如西药中的抗病毒药靶点明确，效果相比西药中的抗病毒要差。抗病毒药是西药中的范畴，主要是指专门针对病毒感染所引起的症状、体征、疾病的治疗药物，比如阿昔洛韦、更昔洛韦，以及能治疗甲型流感的奥司他韦等。
中医认为侵袭人体的是大自然界中的邪气，板蓝根类药物具有较好的清热泻火解毒的作用，可以治疗热邪、毒邪侵袭人体所引起的一系列症状，而病毒感染侵袭人体所引起的症状，比较类似于中医中的热邪和毒邪侵袭人体所引起的不适。而且在体外研究中也发现板蓝根确实具有一定的抗病毒的作用，小柴胡汤也是传统的中药方剂，主要是具有和解少阳的作用，可以治疗半表半里证所引起的恶寒发热、往来寒热、口苦、咽干、目眩等症状。
