自然流产的原因有很多，有可能是胚胎问题、母体原因、药物原因或者是环境原因。具体如下：
1、胚胎问题：自然流产的原因很多，其中最主要的原因，50%左右可能是胚胎的问题，尤其是胚胎的染色体异常，比如以非整倍体最为常见，常见的有16号、22号三体或者X单体；
2、母体原因：也有可能是母体的自身疾病，比较常见的原因有内分泌异常，比如合并血糖没有控制好的糖尿病、甲状腺功能亢进或者甲减、多囊卵巢综合征、高泌乳素血症，可能会导致流产。还有可能是免疫系统的问题，比较常见的有自身性免疫性疾病，比如红斑狼疮、未分化结缔组织病等，还有抗磷脂综合征。也有可能是凝血异常，比如抗磷脂综合征或者体内的高凝状态。还有可能是母亲的子宫解剖异常，子宫畸形在临床上最为常见的是纵隔子宫，也见于单角子宫、双角子宫等；
3、药物原因：也有可能是药物原因，比如毒品，或者抽烟、酗酒，都有可能会导致流产；
4、环境原因：比如毒物、放射线、化学物质、重金属，比如汞、铬等，也可能会导致流产。
