卵巢囊肿绝大部分不会影响生孩子，因为如果卵巢局部的囊肿功能正常，应然会周期性的分泌雌激素和孕激素，仍然会每个月有一个卵泡发育成熟，排出卵子，所以不影响生孩子。
但是如果是巧克力囊肿的情况下，往往会影响生孩子。主要是因为巧克力囊肿通常会引起进行性加重的痛经，还会导致卵巢局部的卵泡壁变厚，影响排卵，所以在临床上会导致影响生孩子。
因此建议对于巧克力的囊肿，如果直径＞4cm，可以考虑手术治疗。在手术治疗之后还要做后续的治疗，比如用唯散宁(地诺孕素片)或者上曼月乐环(左炔诺孕酮宫内节育系统)，主要是预防期复发的可能性。
因此如果计划怀孕的情况下则可以在手术后尽快考虑怀孕。总之有一些卵巢囊肿会影响生孩子，有一些则不会影响。对于卵巢囊肿做手术要严格的掌握适应证和禁忌证，该做手术的绝不姑息，不该做手术的可以临床动态观察。
