益生菌和益生元有区别，益生菌在医院或者药店自行能够买到，例如双歧杆菌和乳酸杆菌，这类药物在临床上可以用于治疗便秘或者腹泻，其作用机理就是给肠道提供正常的、数量充足的益生菌。
益生元属于化学物质，这类化学物质能够促进益生菌生长，同时抑制有害菌生长，临床上较为常用的药物有乳果糖。这类药物使用的过程中，除了能够治疗便秘，还可以改变肠道pH值，如降低肠道pH值，有利于益生菌的生长，同时可以抑制有害菌的生长。
如果益生菌和益生元合用，通常能够起到1+1>2的作用。有婴儿的家庭，买奶粉时可能发现部分奶粉标注有合生元，代表奶粉内既添加益生菌，也添加益生元，使用这种奶粉，可能会减少婴幼儿出现腹泻、便秘的可能性。
在临床中，对于便秘、腹泻的患者，如果单用益生菌治疗效果欠佳，医生会考虑添加益生元类药物，起到共同协调治疗的作用。
