手足口病的治疗不是初期问题，手足口病的治疗没有特异性，因为手足口病的病毒没有特异性，抗病毒治疗效果特别好，需要及时发现、及时诊断、及时治疗。多数是对症治疗，要提高患者免疫能力，减少并发症，特别是比较重的病人，比如出现脑炎要降低颅内压，减少脑水肿等并发症的发生；还要给予提高免疫的药物，比如免疫球蛋白等。如果出现多脏器损害、循环衰竭，要进行营养支持等方面的治疗。
小孩得手足口病会影响其生长发育和营养状态，所以对于这样的孩子要及时补充营养元素，除了正常的给予营养外，特别是小孩容易缺锌、缺钙等微量元素，需要及时给予补充，患者可能痊愈得更快。