甲状腺疾病通常需要低碘饮食，比如甲状腺功能亢进患者，应避免含碘较多的食物摄入，包括海带、紫菜、海虾、海贝壳等。甲状腺功能减退大部分是由于慢性淋巴细胞性甲状腺炎所致，对于慢性淋巴细胞性甲状腺炎，也就是桥本氏甲状腺炎，也要低碘饮食。
也有少数缺碘性的甲状腺病，但是近年我国食盐加碘以后，缺碘性的甲状腺病则较为少见。
通常的甲状腺疾病均属于自身免疫性甲状腺疾病，有研究证实，多吃含硒丰富的食物可以抑制自身免疫反应及抗氧化应激反应，所以鼓励甲状腺功能亢进或者甲状腺炎的患者吃富含硒的食物，比如富硒米、富硒鸡蛋等。
