多囊卵巢综合征与卵巢囊肿，属于完全不同的疾病，区别包括以下几个方面：

1、多囊卵巢综合征：属于代谢性疾病，患者可表现为稀发排卵或没有排卵，还可表现在患者体内测睾酮偏高，或存在高雄激素血症表现，包括面部痤疮、多毛、脱发等。此外也表现为在B超下观察卵巢呈多囊样改变，即单侧或双侧的卵泡数较多，单侧超过12个小卵泡。若排除掉其他疾病引起的月经稀发排卵、没有排卵，其他原因引起的高雄激素血症或其他的多囊样改变，因为部分疾病也可表现为多囊样改变，排除后上述表现中满足两种，可考虑患者为多囊卵巢综合征，治疗通常以生活方式的管控为主；

2、卵巢囊肿：通常进行B超检查时，可明确诊断，可能在卵巢上存在较大的囊性回声，可为单纯性，也可为强弱不等的回声，内部可伴有实质性回声，故称为卵巢囊肿。确诊后可能需要定期观测，并进行肿瘤标志物检测，因为卵巢囊肿具有良性和恶性，需要初步判断其性质，并可根据囊肿大小，决定患者应定期随访、观察，或者选择手术治疗。