尿中结晶的析出与形成该结晶物质的浓度、溶解度以及尿液的酸碱度、温度等因素有关。常见的生理性结晶，有草酸盐结晶、尿酸盐结晶等，还有磷酸盐结晶、碳酸盐结晶等。摄入巧克力、花生、菠菜等食物在正常的尿液中可出现草酸钙结晶，结石症患者尿液中可发现大量的草酸钙结晶伴红细胞。如果草酸钙结晶排出增多，患者临床表现出尿路刺激症状，如尿痛、尿频、尿急或肾绞痛。多食含高嘌呤的动物内脏，也可以使尿中的尿酸浓度增高，发生高尿酸肾病及尿酸结石。

病理性结晶，如亮氨酸结晶、酪氨酸结晶，见于组织大量坏死性疾病，大量胱氨酸结晶是肾或者膀胱结石的先兆。药物结晶出现的频率现在也越来越高，此情况对肾脏有损害，建议长期用药前后监测，肾毒性药物用药前进行规范的预习式处理。