肝内胆管结石引起的疼痛主要在肝区附近，通常较小的肝内胆管结石，并不会引起明显疼痛。只有当结石较大，阻塞胆管后，由于胆管剧烈收缩，可能会引起胆道痉挛性疼痛，通常位于上腹正中，或者上腹偏右的位置。如果疼痛比较严重，可以向右肩背部放射。除疼痛外，患者可能还会存在皮肤巩膜黄染、发热等全身多个器官、系统的表现。
当肝内胆管结石患者出现腹痛时，需注意和其它疾病加以鉴别，主要需要和胃肠道某些疾病进行鉴别，如溃疡、胃肠炎、胃痉挛等。如果存在上述疾病，通常有进食生冷、不易消化食物的诱因，而且这种疼痛通常位于上腹，或肚脐附近，通过局部按压或理疗，可以使胃肠道疼痛有一定程度的缓解。胃肠道疼痛通常不伴有发热和肝功能异常，因此临床上需要结合患者疼痛的具体位置、伴随症状进行综合判断，是否为肝内胆管结石导致的疼痛。
