横纹肌肉瘤的发病与染色体或者基因异常有一定关系，但不是传染性疾病，不会传染给其它人群。

横纹肌肉瘤的病因尚未明确，有学者认为这些异常可能是由染色体或者基因异常引起，但这只能解释极少数病例，大多数仍没有找到明确的发病原因。

目前已知某些特定基因或染色体与横纹肌肉瘤发病有关，如部分胚胎性横纹肌肉瘤存在着11号染色体杂合缺失，部分腺泡状横纹肌肉瘤中存在染色体易位，分别形成相应的融合基因PAX3或PAX7。另外，有些遗传疾病和先天综合征也与横纹肌肉瘤的发病风险增高有关，但需注意这些遗传或先天风险非常罕见，并不意味一定会患上横纹肌肉瘤。

小儿横纹肌肉瘤是儿童软组织肉瘤中最常见的一种恶性肿瘤，可发生于身体各个部位，常见于头颈部、四肢和泌尿生殖器官。横纹肌肉瘤是由不同分化阶段的横纹肌母细胞组成的恶性肿瘤，属于小圆蓝细胞肿瘤，肿瘤由小细胞组成，有大的、圆的、深染的细胞核，镜下可见骨骼肌排列，免疫组化显示存在Desmin、Myogenin、Myoglobin、Actin等骨骼肌标志。按病理组织类型可分为胚胎性横纹肌肉瘤、腺泡状横纹肌肉瘤、多形性或间变性横纹肌肉瘤。