苯妥英钠相对比较最常见的副作用是齿龈增生，尤其是在儿童患者中的发病率比较高，所以如果长期用药时要加强监测，还要注意加强口腔卫生，并且可以定期的按摩齿龈。如果长期服用苯妥英钠，血药浓度如果过高，可能出现恶心、呕吐以及胃炎等消化道症状，此时可以选择在饭后服用苯妥英钠，有效的减少药物对胃肠道的刺激，减少副作用的症状。
苯妥英钠还有神经系统的不良反应，神经系统的不良反应主要是和用药剂量是相关，常见症状表现为眩晕、头痛，严重时会引起如眼球震颤、共济失调、语言不清、意识模糊等症状。如果在医生的指导下合理调整剂量或停药，症状大多可以消失。此外在说明书中提到苯妥英钠的副作用，还包括肌张力不全以及震颤，还会影响造血系统的功能，出现粒细胞减少、血小板减少等罕见的不良反应，还包括再生障性贫血等。所以苯妥英钠作为治疗用药，必须要在医生的指导下合理使用。
