早期肛周脓肿一旦诊断明确，要以切开引流治疗为主，并且根据脓肿引流的情况，决定是否放置引流条或引流管，以加快肛周脓肿内脓性分泌物的排出。肛周脓肿在诊断时需尽可能明确脓肿的位置，如皮肤软组织浅层，还需明确原因，是否由于肛瘘等迁延不愈感染性疾病造成。
出现肛周脓肿，尤其是皮肤、软组织表浅脓肿，治疗相对较容易。如果发现肛周出现疼痛，要注意应用抗生素，尽可能使感染局限。如果按压出现波动感，则说明已经形成脓肿，应积极将脓肿切开，并且使用双氧水、碘伏制剂将脓性分泌物及时清理干净。必要时还可以通过放置引流条或引流片等加快肛周脓肿内脓性分泌物排空。处理肛周脓肿时，还要注意判断肛周脓肿是否由肛瘘造成，如果由于肛瘘引起的肛周脓肿，通常是反复发作、迁延不愈，只有将瘘管切除，炎症才能完全控制，肛周脓肿才会消失。
