切除扁桃体对身体没有害处。扁桃体虽然是免疫器官，但是如果扁桃体反复发炎，每年发作超过5次以上，或者如果扁桃体过于肥大，扁桃体超过三度，出现张口呼吸、睡眠打鼾、憋气，对身体造成损害，出现这种情况需要切除扁桃体。
扁桃体在孩子6岁前有免疫作用，但是在6岁后，身体其它免疫器官可以代替扁桃体。对于6岁前的孩子，切除扁桃体也不用担心，因为扁桃体在6岁前，如果反复发炎或者扁桃体过于肥大，对孩子造成的伤害已经远远弊大于利。这时切除扁桃体后，对身体会有好处，全身其它免疫器官可以代替扁桃体行使免疫作用，所以对于儿童切除扁桃体也不用担心。只要扁桃体经常发炎或者过于肥大，这时就可以选择切除，对身体无害。
