小朋友牙齿上有刷不掉的黑斑，可以使用以下方法进行处理：

1、色素沉着：如果牙齿只有黑斑，牙齿表面还是光滑、完整的状态，就是色素沉着，可以通过刷牙来改善，也可以通过洗牙来改善。小朋友牙齿上的黑斑主要是色素沉着，如果刷不掉，需要让家长帮助小朋友仔细地刷牙，做好口腔卫生。小朋友如果还是刷不掉，等小朋友大一点，在5-6岁可以考虑做洗牙来处理，通过洗牙可以改善牙齿上的黑斑。小朋友牙齿上的黑斑主要是色素沉着，与平时的口腔卫生没有做好有关系，也与牙齿釉质钙化程度有关。部分小朋友牙齿表面的釉质钙化程度比较低，光洁度比较低，这样就更容易附着色素，不容易被刷掉。另外，部分小朋友比较喜欢吃色素类的食物，如巧克力，更有可能造成色素附着。家长可以帮助小朋友刷牙，3岁以上的小朋友可以多用含氟的牙膏，促进牙齿的再次矿化；

2、龋坏：如果小朋友牙齿上有色素，也要注意和龋坏相鉴别。如果在色素沉着、有黑斑的同时，牙齿表面伴有缺损，就是有龋坏的情况。在这种情况下，通过刷牙不能改善，只有通过补牙来处理，才能够消除这种黑斑。