醋酸泼尼松作为激素类药物，长期使用引起的副作用，主要是激素类药物相关不良反应，可能引起糖尿病、糖脂代谢紊乱、消化道溃疡，以及类库欣综合征，如满月脸、水牛背、向心性肥胖、脂肪重新分布等。
醋酸泼尼松对于下丘脑-垂体-肾上腺轴的抑制作用较强，长期使用还可能会导致痤疮，以及月经紊乱。大剂量使用激素类药物，可能导致股骨头缺血性坏死，同时影响人体钙质吸收，导致骨质疏松。严重骨质疏松可能出现骨折，包括脊椎压缩性骨折、病理性骨折。
醋酸泼尼松的副作用还包括肌无力、肌萎缩、低血钾综合征，以及消化道副作用，包括恶心、呕吐、消化道溃疡等，患者需在医生指导下合理使用醋酸泼尼松。
