所谓的巧囊，指的是卵巢的子宫内膜异位囊肿。由于卵巢子宫内膜异位囊肿有较多黏稠的暗褐色液体，这种状态比较类似于巧克力液，所以被称为巧克力囊肿。巧克力囊肿的治疗方法包含一些保守治疗，也包含手术治疗。

1、药物治疗：巧克力囊肿的治疗可以选择一些口服的药物或者是注射的药物来进行治疗，这一类的药物大多数都属于激素类的用药。激素类的用药包含假孕疗法，即孕激素的一些制剂，也包括有促性腺激素释放激素激动剂。这样的一类假绝经疗法，是为了让巧克力囊肿里的异位的子宫内膜萎缩，这种情况下将能够减少巧克力囊肿的体积，同时也能够减轻症状。但是需要注意，上述的这些用药进行巧克力囊肿治疗，首要的前提是务必要排除巧克力囊肿恶变的可能，一旦存在巧克力囊肿性质不明，或者是怀疑有恶性可能的时候，还是建议要及早地手术治疗；

2、手术治疗：就手术治疗而言，也分为保守性的手术和根治性的手术。可以选择巧克力囊肿的剥除，如果对于生育没有任何的要求，甚至已经完成生育功能的患者而言，也可以选择附件区的卵巢切除，甚至如果伴随有一些比较严重的盆腔子宫内膜异位症的患者，还可以选择根治性的手术。

由此可见，巧克力囊肿的治疗方法多种多样，具体选择哪一种方法，还是需要结合不同患者的年龄、生育要求症状的严重程度、是否合并有恶性情况的可能等，进行综合的判定和选择。巧克力囊肿的治疗，最主要的目的是缩小病灶，或者是减除病灶。

同时还需要减轻患者由于患有巧克力囊肿而存在的一些疼痛，这种疼痛主要是以痛经为主。另外，对于生育年龄有生育要求的患者，巧克力囊肿的治疗还需要考虑到应当保留促进生育功能。在进行巧克力囊肿治疗之后，还应当注意减少术后或者是治疗之后的复发。