幼年型类风湿关节炎的治疗是个体化的治疗，会根据患儿的临床类型、是否有脏器受累的表现，以及全身症状、机体的耐受情况，决定治疗方案。对于幼年型类风湿关节炎，临床上分为全身型、多关节型还有少关节型。
治疗药物主要包括非甾体抗炎药，如双氯芬酸、布洛芬、塞来昔布。而临床上比较常用的糖皮质激素，主要应用在全身症状较重的患儿，或者合并重要脏器受累情况的患儿，比如合并心肌炎、虹膜睫状体炎。这时用糖皮质激素，能够快速控制病情。
另外也可以用免疫抑制剂，主要有甲氨蝶呤。一方面能够有效控制关节炎炎症，另外一方面也可以减少糖皮质激素的用量，防止疾病的复发。
目前对于幼年型类风湿关节炎，也可以用生物制剂，主要是针对肿瘤坏死因子的拮抗剂或者针对白介素-6的拮抗剂。在临床上，都收到了较好的疗效。
