疾病、治疗目的不同，支气管雾化的用药也不同，主要包括支气管哮喘、感染，可以使用激素、支气管扩张剂，部分情况也可雾化抗生素、化痰的药物，甚至是高渗盐水。

1、哮喘：支气管哮喘雾化做得最多，可以使用支气管扩张剂，雾化的剂量大于普通吸入的剂量，包括异丙托溴铵、硫酸沙丁胺醇等。由于支气管哮喘属于过敏性疾病，所以也可以使用激素类药物，同时加支气管扩张剂，或先使用支气管扩张剂，在支气管扩张后再雾化激素类药物。在痰液黏稠、不容易咳出的时候，也可以使用化痰药物，来帮助痰液的排出；

2、感染：在感染的情况下，可以配合全身用药，再局部雾化使用抗生素，如庆大霉素。由于雾化抗生素容易出现耐药的情况，治疗效果也不是很好，目前雾化抗生素的情况越来越少，通常还是主张全身用药。此外，真菌感染，如肺的毛霉病，可以使用两性霉素B，但两性霉素B的副作用比较大。如果有其他的真菌感染，有时也可使用少量的两性霉素B来雾化治疗，加快患者恢复。