结核菌即结核分枝杆菌，主要侵犯肺脏，称为肺结核病，也可以侵犯肺脏以外的其他部位，如肝、肾、脑、淋巴结等器官，称为肺外结核病。治疗结核菌的感染，应选用化学药物，其他的治疗方法，如对症治疗、手术治疗等均为辅助治疗。
化疗的目标不仅在于杀菌和防止耐药性的产生，而且在于最终灭菌、防止和杜绝复发，因此化疗应遵循当前国际公认的化疗原则，即早期、联合、适量、规律、全程。
肺结核的治疗相比其他类型的细菌感染，可能需要更长的时间。活动性肺结核患者需服用抗结核药物至少6-9个月，具体药物和治疗时间取决于患者的年龄、整体的健康状况和耐药情况等，常用的药物包括异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇等。
此外，治疗过程中应实施全程的监督化学治疗管理，肺结核患者在治疗过程中，每次用药都必须在医务人员或经培训的家庭督导员的直接监督下进行。
因故未用药时必须采取补救措施，以保证按医嘱规律用药，这种方式可以提高治疗的依从性和治愈率，并减少多耐药病例的发生。
