男人小便痛的原因，最常见的是男性尿道炎症，膀胱、尿道炎直接刺激尿道，当炎症存在时会产生尿痛，是尿路感染最基础的症状。

另外，疼痛并非是尿道局部炎症，而是其它部分疾患投射到尿道产生疼痛感觉，在男性里最多见的是前列腺炎、间质性膀胱炎等，不在尿道局部产生炎症，但是因投射引起疼痛。

通过分析病人症状，做相应检查可区分导致疼痛的原因，部分是因物理化学改变，如尿浓度、尿酸碱度导致，并非是细菌感染引起，也会产生局部疼痛感觉。