大部分人服用乳酸杆菌不会出现任何症状。乳酸杆菌常用于便秘、腹泻、消化功能不正常的患者，例如出现腹胀、排气较多等，通过服用乳酸杆菌，通常能够减轻这些问题。
临床上有极少数患者，服用乳酸杆菌后出现便秘，出现这种情况未必是乳酸杆菌摄入过多，也可能由于平时饮水较少，没有按照医生的要求服用较多蔬菜，没有适当活动。如果上述方法都做得较好，配合乳酸菌素治疗，机体应该不会出现任何不适症状。
本身乳酸杆菌属于肠道的益生菌，人体本身存在该细菌，因此应该不会产生严重的副反应、副作用，导致相关症状。还有部分患者由于心理作用，不愿服用乳酸杆菌药物或者胶囊类药物，认为服用胶囊后对人体不好，就不愿意服用，从而表现出各种症状。
