肠道内存在多种菌群，因此临床上用以调节肠道的益生菌也较多，如地衣芽孢杆菌、枯草杆菌、双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等，这些是临床上可以直接处方到的肠道益生菌。

肠道的细菌能产生肠道的菌群屏障，对于人体而言非常重要，肠道菌群屏障被破坏时，可能发生很多消化系统的疾病，如炎症性肠病、肠道的肿瘤等，都与肠道的益生菌有一定的相关性。所以在临床上，肠道益生菌也被广泛应用于很多消化系统疾病的治疗当中。