克罗恩病不会自愈，本病基本上是一个终生性疾病，因为它本身是易感基因引起的自身免疫性疾病，也许将来会有新的方法出现能够治愈。现在对克罗恩病的认识，要对患者进行积极的治疗，治疗后以活动期和缓解期交替存在。治疗可使急性期过去来到缓解期，并希望缓解期能无限延长。本病一般是采取抗免疫治疗，为最主要的一个手段。患者平常应注意饮食，生活起居都要有规律，如果患者缓解得挺好，但又去加班或者熬夜，可能就会加重病情。面临考试也会引起比较紧张的心态，同样会加重和诱发本病。故在积极治疗的情况下，尽量使缓解期延长，但一般经过治疗都不可能治愈。如果只是希望自我治愈，可能性基本没有。
但也许以后通过科学家的研究会有新的手段，就会像现在的丙肝一样有治愈方法。因为以前都说终生治疗，不能治愈，但现在已有新的办法可以治愈。而乙肝、肝硬化以前都不能治愈，现在有时候治疗也有好转，可期待将来有新的方法出现，使克罗恩病治愈。
