怀疑有肝癌的患者确定是否是肝癌，早期确诊的方法只有一种，就是活检。即从体内将肿块取出一部分拿到体外，进行镜下的免疫学分析，甚至进行分子生物学的相关分析，此情况下才是唯一确诊且百分百确诊肝癌的办法。

但是近几年随着影像学的进展，医学界达成了共识。对于肝细胞癌，有时也可以不需要进行穿刺活检，可以依靠两种以上的影像学而确定是肝癌，也可以作为肝癌比较确定的诊断性指标。例如进行增强的CT，结合增强的磁共振，如果两个影像学都毫不犹豫地指向肝癌，一般可以作为肝癌的确诊指标。

除了穿刺活检以外，现在对于诊断肝癌的方法较多，除了前面提到的增强CT或者增强磁共振以外，还包括现在敏感度很高的磁共振普美显检查以及超声造影的检查。

同时再结合部分血液学的肿瘤标志物，最常用的是甲胎蛋白。现在还有部分新的指向肝癌的肿瘤标志物，上述指标综合起来，可以对肝癌的诊断提供非常可靠的参考。