生化妊娠与自然流产、胚胎停育相同，都是一次异常的妊娠状态。导致生化妊娠的原因最常见的就是胚胎染色体异常，染色体出现多倍体、非整倍体等因素都会导致流产。
生化妊娠是胚胎还没有成功着床，种植于宫腔内就发生流产，因此也是胚胎发育异常的表现。大多数胚胎停育和生化妊娠都是由于染色体异常所导致，但是也有其他因素可能会导致自然流产的发生，包括病毒感染。
在孕前常规要求检测的弓形虫、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒和风疹病毒都是引起胚胎停育、生化妊娠、自然流产的原因，所以建议女性在孕前要进行这些相关的病毒检测，避免由于病毒感染而引起流产发生和胚胎胎儿畸形。
另外还有部分流产与免疫因素有关，孕妇如果患有自身免疫性疾病，比如桥本甲状腺炎、系统性红斑狼疮、抗磷脂综合征等免疫疾病，也是导致自然流产反复发作的常见原因。
