目前还没有治疗肠化生的特效药，但临床上用一些中药的组方或者是成药可以起到一定效果，比如摩罗丹。肠化生是胃黏膜的一种病理形态学的改变，而正常胃黏膜由胃黏膜的细胞组成。

如果胃黏膜发生了炎症或者溃疡，出现了坏死脱落，再重新生长的细胞还是原来的细胞，则可以理解为治愈。如果再生长的细胞不是胃黏膜原来的细胞，而是肠黏膜的细胞长到胃上，则属于肠化生，说明胃的炎症相对比较重。通常胃的炎症越重，脱落的细胞越多，胃黏膜细胞来不及修补，会合并长出肠黏膜的细胞，出现肠化生。

从药物治疗来讲，摩罗丹这类中药主要能够防止肠化生进一步进展，而不能达到让肠化生再换成正常黏膜细胞的情况。临床上对于治疗黏膜慢性炎症，导致胃黏膜细胞的萎缩、腺体减少造成萎缩，或者是出现肠化、异型增生，一般需要复合用药，用一些中成药，再加上调节胃黏膜氧化应激、调节胃黏膜细胞生长的药物来进行综合性的治疗才能够达到一定的效果。