治疗念珠菌感染最好的药物，还要看是何种念珠菌感染，另外还要结合感染部位，具体如下：
1、白色念珠菌：一般会首选氟康唑、伊曲康唑、伏立康唑，这些药物对白色念珠菌都有比较好的效果。一般首选氟康唑，副作用相对比较少。针对不同部位的感染，如口腔白色念珠菌感染，应用制霉菌素片剂局部涂抹治疗，效果会比较好。如果是肠道的白色念珠菌感染，用制霉菌素口服，效果也比较好；
2、光滑念珠菌或克柔念珠菌：不能首选氟康唑，因为耐药率比较高，一般也不会选择伊曲康唑，因为有交叉的耐药，伏立康唑通常也会对于这两种细菌产生耐药，因为其本身存在交叉耐药的问题。如果是光滑念珠菌或克柔念珠菌感染，一般选择棘白菌素类药物，可以应用米卡芬净，也可以用卡泊芬净，另外还可以应用两性霉素B联合氟胞嘧啶来治疗；
3、近平滑念珠菌：对棘白菌素类会出现耐药，就不能够应用棘白菌素类药物，可以选择氟康唑，也可以应用伊曲康唑。
