先天性甲状腺功能减低症分为暂时性和永久性。大部分先天性甲状腺功能减低症，在正规治疗2-3年后都可以停药，约8%的儿童需终生服药。先天性甲低患儿的预后主要取决于治疗的早晚、初始治疗左旋甲状腺素的剂量、3岁以内的维持治疗的依从性等因素。先天性甲低患儿如能在出生2周内，开始足量剂量治疗，大部分患儿的神经系统发育和智力水平可接近正常。
新生儿筛查发现的甲低患儿，经过早期治疗预后多数良好。晚发现、晚治疗的患儿，体格发育有可能逐步赶上同龄儿童，但神经、精神发育迟缓不可逆。严重的先天性甲低即使早期治疗者，仍有神经系统后遗症的风险。部分治疗延迟者，即使智力发育落后不明显，也有可能存在不同程度听、说、操作以及认知反应方面的缺陷。
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