做鼻咽镜会有一定的不适感。外界的冷空气、空气污染等刺激，都会使人体的鼻子产生炎性症状，常见的是过敏性鼻炎。如果鼻子出现症状反复不好，医生会建议进行鼻内镜检查。鼻内镜检查的疼痛相对轻微，因为鼻腔内的痛觉感觉神经并不丰富，这也是鼻炎、感冒、流脓鼻涕时鼻子不痛的原因。
鼻腔虽然对痛不敏感，但鼻腔的分泌腺体非常旺盛，对痒刺激较为敏感。鼻内镜的粗细约为4mm，操作器械进入鼻腔后，鼻子很敏感，难免会打喷嚏或发痒，导致鼻腔移动，从而造成器械擦伤。因此，进行鼻咽镜时常给予表面麻醉，在鼻腔内喷洒麻药以减少不适，保证检查顺利进行。
