根据干骺端骨囊肿接近骨骺板的程度，将骨囊肿分为两期，即活动期占40%-50%。囊肿始终靠近骨骺板，具有活动性，不超越骨骺板。其长轴与骨干纵轴一致，横径往往窄于骨骺板。禁止期占50%-60%，囊肿停止发展，呈静止状态。
随骨的增长逐渐以一项骨干为远离骨骺板，根据形态将骨囊肿分为单发及多发两种：
1、单发性骨囊肿：多见，常见于骨干部或长骨干骺端松质骨内。呈中心型、椭圆形或溶骨性破坏区。病变范围较小，膨胀生长，但膨胀不显著。破坏区密度比髓腔还低，呈透明状，与两端正常骨分界清楚，骨皮质受压变薄。严重者可菲薄如纸，越近病变处越薄，但骨皮质仍完整。病变两端正常骨皮质显示增厚、硬化或为菲薄之硬化边。囊壁光滑，囊内偶可见少量纤维线条间隔。
2、多发性骨囊肿：少见，多发生于长骨，干骺端松质骨内或骨干髓腔内，呈圆形或椭圆形透亮区。其中被骨嵴分割为多个大小不同的囊腔，甚至呈泡沫状。其结构较粗糙，髓腔扩张明显，囊壁较厚，囊肿大小不一，有的比较大。
3、其它骨囊肿：发生于骨盆、肋骨及跟骨的囊肿，不具有长骨囊肿的典型征象。但其基本表现仍为局限性膨胀性透亮区，边缘光滑。其中有不规则骨小梁间隔呈皂泡状或蜂窝状，膨胀显著者骨皮质可断裂。