真菌性鼻窦炎很少人能够自愈。真菌性鼻窦炎分为急性侵袭性真菌性鼻窦炎和非急性侵袭性真菌性鼻窦炎，急性侵袭性真菌性鼻窦炎多发生于糖尿病酮症、器官移植的病人，或是免疫疾病需要长期激素治疗等，病人免疫力低下，通常起病非常急。
病人伴有高热、鼻腔坏死，以及眼球肿胀、移位、失明，同时伴有颅内感染，可以在数日内导致死亡。病人的治疗要迅速，通常给予抗真菌的药物进行治疗的同时，可以进行鼻腔的手术治疗，以挽救部分人的生命。
非急性侵袭性的真菌性鼻窦炎，在CT上可以见到典型表现，病人可以没有任何症状，也可以出现一侧有脓鼻涕、有臭味、有头疼等症状。
治疗上需要在鼻窦内窥镜下行鼻窦开放，将鼻腔内全部霉菌团块清理干净，术后要用激素类喷鼻剂进行喷鼻，来控制炎症。
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