宫外孕药物治疗，不存在排出孕囊的情况。宫外孕用药后胚胎组织多数在输卵管内，不会从宫腔掉出，因此用药后不会排出孕囊，可能在着床的局部坏死、被吸收。部分孕囊接近输卵管伞端，就可能在坏死后通过输卵管伞端，掉入盆腔中，被盆腔腹膜所吸收。
宫外孕通过药物治疗后会发生出血，因为药物治疗后胚胎会死亡，胚胎死亡后会造成子宫内膜脱落，从而导致出血。通常药物治疗后，应观察绒毛膜促性腺激素(HCG)的值，用药4-7天后，如果HCG下降超过15%，通常认为有效。如果下降没有超过15%或者是未出血变化，甚至上升，可以认为此次药物治疗失败，应选择二次用药，或者寻求外科手术治疗。
