男生小便疼痛的原因，主要包括以下几个方面：

1、尿道炎：男生小便疼痛最常见于尿道炎，男生发生尿道炎时，会在尿道黏膜表面形成水肿、糜烂，还会形成黏膜破损，会出现水疱、脓疱。当水疱、脓疱破裂后会产生局部刺痒和局部疼痛症状，还会出现尿道口分泌物；

2、尿道结石：当结石嵌顿在尿道黏膜，引起尿道黏膜水肿、糜烂后，会引起尿道刺痛或尿道隐痛的症状，男生在排尿时还会出现尿痛的症状，严重时还会伴有血尿症状；

3、输尿管末端结石：男生发生末端输尿管结石时，由于结石引起输尿管末端嵌顿，引起上段输尿管痉挛，男生会出现反射性尿道疼痛的症状，还会伴有膀胱刺激症状，出现尿频、尿急、尿痛和排尿不尽的症状。

男生出现上述症状时，应当及时到泌尿外科就医，通过泌尿系彩超检查，可以除外有无输尿管末端结石，有无尿道结石。通过尿道分泌物检查，通常能找到致病微生物，通过选择有效的抗生素配合中成药物治疗，多数男生尿痛症状会明显好转。