脑内多发腔隙性脑梗死主要是找到原因，对于已经腔隙性脑梗死的部位无法逆转或恢复，颅内病变，如缺血、出血已经损害脑组织。出现类似病变的患者应进行一级预防或二级预防，避免新的腔隙性脑梗死，或大面积梗死出现。腔隙性脑梗死的原因包括高血压、糖尿病、高脂血症、高同型半胱氨酸血症、高龄，或长期吸烟、饮酒等，此时需应用阿司匹林、氯吡格雷等抗血小板药物，同时加用他汀类药物，如阿托伐他汀、瑞舒伐他汀等，避免将来出现新的脑梗死。

如果是心源性多发腔隙性脑梗死，同时有心房颤动，需使用抗凝药物，如华法林、利伐沙班等。颅内多发腔隙性梗死患者需要判断原因，进行一级或二级预防，避免更多梗死出现，是腔隙性脑梗塞的主要治疗方案。