如果病理上明确诊断是胰腺黏液性囊腺瘤，复发概率微乎其微。因为胰腺黏液性囊腺瘤是良性疾病，如果已经达到根治性切除，相当大的概率可以达到治愈。如果是黏液性囊腺癌，即在黏液性囊腺瘤的某些区域发生恶变，或疾病在诊断时已经存在恶变状态，术后便可能会发生复发、转移的问题，因此在病理上要明确区分，到底是胰腺的黏液性囊腺瘤，还是囊腺癌。
黏液性囊腺瘤如果在手术过程中，没有达到完整切除，或在切除过程中发生破裂，有部分黏液流到腹腔中，同样具有一定程度的复发风险。因为黏液性囊腺瘤通常体积较大，同时在手术过程中，可能肿瘤内部并不一定是完全均质化，部分区域可能增殖相对活跃。如果在手术中发生破裂，并不能够确保流出的黏液是否会引起复发和转移，因此对于手术中出现破裂的患者，复发风险会显著增加。
