耐药菌株是在长期的抗生素选择后，出现对相应抗生素产生耐受能力的菌株。细菌的耐药性是指细菌多次与药物接触后，对药物的敏感性减小甚至消失，致使药物对耐药菌的疗效降低甚至无效。耐药菌株的出现，增加感染性疾病治愈的难度，并迫使人们寻找新的对抗微生物感染的方法。临床常见耐药菌及其治疗药物主要有：

1、耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌，对目前临床使用的所有β-内酰胺类药物耐药，但万古霉素和利奈唑胺有效；

2、产超广谱β-内酰胺酶的主要有大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、产酸克雷伯菌等，菌株对第三代的头孢菌素、第四代头孢菌素和氨曲南耐药。即使实验室报告为敏感的第三代和第四代头孢菌素及氨曲南，在临床上也不推荐使用。目前最有效的是碳青霉烯类，而头孢西丁及含β-内酰胺酶抑制剂的复合剂也可能有效；

3、耐万古霉素的肠球菌包括粪肠球菌和屎肠球菌，利奈唑胺等可能有效；

4、多重耐药的鲍曼不动杆菌，对微生物实验室除了头孢哌酮、舒巴坦外所有检测药物耐药，含舒巴坦的药物如米诺环素和利福平可能有效。