沙眼衣原体是导致沙眼的主要病原微生物，沙眼衣原体检查阳性提示沙眼存在，此时需要进行治疗，是否严重主要取决于沙眼对眼表造成的损伤。沙眼在以前属于常见的眼部疾病，会造成严重后果，比如严重结膜炎、角膜炎、角膜新生血管，甚至严重时会导致眼睑内翻、瘢痕，甚至失明。
随着卫生条件改善，沙眼逐渐变成少见疾病，如果在眼部检测到沙眼衣原体呈阳性，说明目前沙眼处于活跃期，需要进行积极抗沙眼治疗。目前抗沙眼治疗主要是红霉素、阿奇霉素类药物，随着对沙眼的认识和抗生素研发，沙眼治疗并不困难，而在于早期诊断、早期治疗，不要等到沙眼造成严重眼部损伤后才进行治疗，因为这时治疗不可能逆转沙眼对眼表造成的损伤。
