中耳炎合并的真菌感染，特别是化脓性中耳炎，本身鼓膜上有穿孔，同时合并真菌，是混合感染，用药治疗比较困难。通常需要运用抗生素控制中耳炎症，但是用滴耳液的同时会造成耳朵里面潮湿，抑制细菌生长以后，真菌生长反而会不受控制。
所以此时尽量避免应用滴耳朵的抗生素进行治疗炎，建议通过口服抗生素，然后配合黏液促排剂，以及鼻腔用药，使里面的脓液尽量从咽鼓管的方向流出，保证耳道的干燥，此时才有利于真菌的控制。
一般应用硼酸滴耳液控制真菌感染，但如果鼓膜有穿孔的情况下，将硼酸滴耳液滴到耳朵里，如果硼酸滴耳液流到中耳腔里，其里面的酒精成分会对中耳的黏膜产生比较强烈的刺激，患者会产生比较明显的疼痛感，甚至会出现眩晕。
所以建议患者采用棉签擦拭的方式，如果有条件可以让医生帮助清理耳道。当真菌不旺盛时，可以用抗真菌软膏进行治疗，如派瑞松软膏，其刺激性相对较小。
