疟疾的治疗方法一般是口服抗疟疾的药物，也可以静脉给予抗疟疾的药物，具体还需要结合患者的病情，通常针对疟原虫的治疗药物包括两大类：
1、针对红细胞内的疟原虫：包括青蒿素或者青蒿素的衍生物，比如双氢青蒿素、青蒿琥酯或者甲蒿醚，另外也有氯喹，目前疟疾对于氯喹有一定程度的耐药性，如果耐药也可以选择甲氟喹，但疟疾对甲氟喹也有一定程度的耐药性，若两者都耐药，可以用青蒿素类的药物；
2、针对红细胞外期、红细胞的配子体：一般应用伯氨喹，但伯氨喹容易引起溶血性贫血，尤其是对于G-6-PD(葡萄糖-6-磷酸脱氢酶)缺乏的患者，禁止应用伯氨喹，但可以选用他非诺喹，由于间日疟和卵形疟存在肝内迟发型的子孢子，容易引起复发，所以通常是两类药物联合治疗。如果是脑型的疟疾，可以采用静脉给予抗疟疾的药物进行治疗，如果是普通的疟疾，采用口服抗疟疾的药物进行治疗。
