怀孕同房不会导致胎儿畸形，但如果在孕期存在不宜同房的因素，如先兆流产、流产、先兆早产、早产、低置胎盘、前置胎盘等，则不适合同房。如果同房，可能会诱发流产和早产，甚至发生胎膜早破或严重的产前出血。如果在产科诊断为上述疾病，建议避免在孕期同房，注意避免同房引起的流产、早产、阴道出血、胎膜破裂等。
胎儿畸形多半是在孕12周之前，孕妇接触毒物、药物或放射线等异常的致畸因子，导致胎儿畸形或胎儿染色体基因异常。同时在发育过程中，表现为结构脏器的畸形。上述畸形是由胎儿内部染色体基因的遗传结构或外部的致畸因子所导致的畸形，而非因为同房。总之，如果在孕期没有存在同房禁忌症，可以在孕期适当同房，不会导致胎儿畸形。
