通常大多数的手足口病患者在发病后1周左右痊愈，而在患者痊愈1周后则基本不具有传染性，但这时可能还会经粪便排毒，需要注意饭前、便后洗手，不要污染食物或水源等。手足口病的传染源包括患者和隐性感染者，病毒主要存在于粪便、鼻咽分泌物和疱疹液中，其中粪便中病毒的排毒时间为4-8周，一般发病后1周内的传染性最强。患者在发病1-2周内，还会自咽部排出病毒。在患病期间疱疹液中也含有大量病毒，破溃时病毒会溢出，这些病毒可以分布在周围环境中或依附在人体，可导致其他人被感染，所以患病期间要对患者进行隔离治疗。
手足口病患者如果没有并发症，通常在1周左右治愈，但此时患者体内病毒仍然有活性，可能感染其他人，另外患儿免疫力还处于较弱的状态，容易被其它病毒、细菌入侵，感染上其它疾病。因此，患儿全部症状消失后，应继续隔离1周，即至少需要隔离2周才可以正常活动。患者患病期间所使用的物品应该彻底消毒，可以用含氯消毒剂浸泡或煮沸消毒，不易煮沸或浸泡的物品应该在阳光下暴晒6-8小时。
