碘伏是临床上最常用的一种消毒剂，可杀灭细菌的繁殖体、真菌、原虫，还有一些病毒。临床上常用其作为换药处理、局部消毒，也可以用于手术伤口的皮肤消毒、注射前的皮肤消毒，还可以作为一些手术器械的消毒使用。一般1%的碘伏可以用于皮肤的消毒，2%的碘伏可以用于手术区域皮肤的消毒，0.5%的碘伏可以用作阴道、会阴部的消毒。
临床用碘伏特别要注意其是外用药物，禁止口服，另外碘伏要避光保存，使用碘伏的时候一定不能和红汞同时应用。少数病人有碘伏过敏反应，所以用完碘伏要仔细观察有没有病情变化。一般对于污染伤口的皮肤消毒，要从周围往中间、往感染区域进行消毒，对于手术区域的皮肤消毒，要从中间往外逐步消毒。在临床上使用碘伏消毒要严格按照无菌术的操作方法，同时消毒后要观察病人情况，防止出现很少见的过敏反应。
