全飞秒激光近视手术为目前较安全激光矫正近视的方式，因为全飞秒激光手术过程短、较为精确，使术后发生后遗症可能性降到较低。但既然为手术，便存在发生一定并发症的可能，临床上较多见的后遗症为术后干眼、角膜知觉减退，均由术中对角膜神经切削所导致。通常通过休息、点用人工泪液，便可逐渐恢复。对于全飞秒激光近视眼手术而言，术后同样可能发生欠矫、过矫或视力下降的可能，均需进行相应处理。
此外对于全飞秒激光手术而言，还可能发生角膜沉淀、混浊、炎症，均需对症进行相应处理。还可能发生夜视力不良或夜间眩光现象，也需恢复一段时间后，逐步进行处理，使症状逐步好转。同时术后不适合行二次手术，否则可能会为后期并发症处理带来问题。总体而言上述所列举的后遗症发生几率均较低，该手术属于较安全的近视眼手术。
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