扁桃体发炎需要服用的抗生素多数是青霉素类抗生素，比如阿莫西林或者阿莫西林克拉维酸钾，或者头孢菌素类抗生素，效果都比较好。多数扁桃体发炎的致病菌是溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌、流感杆菌，这些致病菌对于青霉素类和头孢菌素类抗生素比较敏感。扁桃体发炎不严重的情况下，通常口服抗生素3-5天后，如果咽痛能够缓解，建议继续维持治疗2-3天再停药，以免扁桃体中的细菌没有被彻底杀死。
如果出现抵抗力下降、受凉，扁桃体炎又会再次发作，如果扁桃体反复发炎，每年发炎超过3-4次，此时应该考虑手术。可以手术切除反复发炎的扁桃体，因为此时的扁桃体已经没有防御作用，虽然是免疫系统的一部分，但是反复发炎的扁桃体已经成为病灶性扁桃体，可能会引起身体其他重大器官的疾病，没有保留必要。
