肿瘤标志物可以通过抽血检查，也可以检查手术或者穿刺活检得到的组织，同时胸水、腹水、脑脊液、心包积液也可以检查肿瘤标志物。
临床上常用的体液肿瘤标志物，包括甲胎蛋白、前列腺特异性抗原、癌胚抗原、糖类抗原125、糖类抗原19-9、糖类抗原153、神经元特异性烯醇化酶、细胞角蛋白19片段、糖类抗原72-4、人绒毛膜促性腺激素等。通过采取病人的血液、胸水、腹水等体液，可以检查肿瘤标志物在各种体液中表达的数值，指导恶性肿瘤的诊断和治疗。
广义的肿瘤标志物还包括组织的基因检测，比如EGFR基因检测、AMK基因检测，这些基因的检测可以弥补体液肿瘤标志物检查的不足。
