特应性皮炎的治疗包括基础润肤剂、外用药物以及系统用药，医生一般会按照轻度、中度、重度进行阶梯治疗。对于重度特应性皮炎患者，首先建议住院治疗。除外用药以外，可能需要系统应用副作用较大的药物，如环孢素、甲氨蝶呤等免疫抑制剂，对于严重的顽固性皮损还需系统应用糖皮质激素进行控制。目前一些新药，如抗白介素-4、白介素-13的度普利尤单抗等也可适当应用。

对于重度特应性皮炎，在选择外用药物时，医生会选择强度高的药物。对于急性泛发严重皮损，甚至会选择短期湿包治疗。湿包治疗是在外用药物及润肤基础上湿敷加包裹，即使用内层湿润、外层干燥的双层管状绷带或者棉布或者纱布进行封包治疗，一天两次，连用两天到两周。湿敷可以在患处保留2小时左右或者更长时间，观察患者的耐受程度。

此外，本病的患者需系统应用免疫抑制剂或糖皮质激素。对于儿童，医生会谨慎选择免疫抑制剂，尽量不用或者少用环孢素、激素。对于重度特应性皮炎患儿，会反复评估对患儿的影响。目前最新治疗为生物制剂，抗白介素-4和白介素-13的度普利尤单抗，治疗效果较好，而且副作用相对小。在国外适用于6岁以上重度、中重度特应性皮炎患者，国内目前仅适用于18岁以上的成人。