肝脓肿手术总体上风险不是很大，大多数肝脓肿患者是通过超声或CT引导下进行肝脓肿穿刺引流。这种穿刺引流创伤比较小，有可能出现的风险主要是穿刺部位的出血。
而肝脓肿属于肝脏感染性疾病，很多肝脓肿患者在经过输液抗生素治疗后，感染仍然难以控制，局部脓腔形成液化，特别是较大的肝脓肿则需要进行穿刺引流，穿刺引流可以将脓肿内的脓液引出体外，有利于感染的控制。同时还可以进行细菌培养，确认导致肝脓肿的致病菌，采取针对性药物，也利于感染控制。
有些多房性的肝囊肿，甚至形成了肝脏的炎性假瘤，在这种情况如果无法进行穿刺引流，有必要考虑通过外科手术切除病变累及的肝脏。肝脏切除手术风险则相对较高，同样存在切除手术中出血、创面渗漏，特别是胆瘘以及腹腔感染，再有对于严重的肝病患者，也存在肝切除手术之后肝功能衰竭的风险。
